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python将.nii格式转png的方法

在医疗图像里面MRI图像存储为nii的时候，三维图像。四维则带上了时间标签。

nii数据解压以后如下图：

在这里插入图片描述

nii数据读取

import matplotlibmatplotlib.use('TkAgg')from matplotlib import pylab as pltimport nibabel as nibfrom nibabel import nifti1from nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dexample_filename = './training/training/patient001/patient001_4d.nii.gz'img = nib.load(example_filename)print(img)print(img.header['db_name'])  # 输出头信息#显示图像width, height, queue ,S= img.dataobj.shapeOrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

批量将某个文件夹下3维的转为png代码

import numpy as npimport os  # 遍历文件夹import nibabel as nib  # nii格式一般都会用到这个包import imageio  # 转换成图像def nii_to_image(niifile):    filenames = os.listdir(filepath)  # 读取nii文件夹    print(filenames)    slice_trans = []    for f in filenames[2:6]:        # 开始读取nii文件        img_path = os.path.join(filepath, f)        img = nib.load(img_path)  # 读取nii        img_fdata = img.get_fdata()        fname = f.replace('.nii', '')  # 去掉nii的后缀名        img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)        # 创建nii对应的图像的文件夹        if not os.path.exists(img_f_path):            os.mkdir(img_f_path)  # 新建文件夹        # 开始转换为图像        (x, y, z) = img.shape        for i in range(z):  # z是图像的序列            silce = img_fdata[:, :, i]  # 选择哪个方向的切片都可以            imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path, '{}.png'.format(i)), silce)            # 保存图像if __name__ == '__main__':    处理多个文件    filepath1 = './training/training/'    filenames2 = os.listdir(filepath1)    for i in filenames2:    	filepath= os.path.join('./training/training/', i)    #处理单个文件    #filepath = './training/training/patient001'    imgfile = './iamge'    print(filepath)    nii_to_image(filepath)

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